Cuộc sống trên con tàu Mayflower thật khó chịu và khó khăn vì cuộc hành trình kéo dài 66 ngày đầy những cơn bão mạnh ở Đại Tây Dương và xung đột giữa các hành khách. Nhiều người hành hương theo đạo Tin lành đã khiến phi hành đoàn và những hành khách khác khó chịu khi cố gắng ép buộc tôn giáo của họ lên người khác, dẫn đến xung đột trên tàu. Tình trạng say sóng, bệnh còi và các bệnh khác khi đi biển rất phổ biến.
Vùng biển Đại Tây Dương gồ ghề trong nửa sau của chuyến hành trình của Mayflower đã gây thiệt hại đặc biệt cho phi hành đoàn và hành khách. Vì những người mạo hiểm trên boong có nguy cơ bị ném xuống tàu trong thời tiết khắc nghiệt, hầu hết hành khách vẫn ở dưới boong trong phần lớn hành trình. Các gia đình bố trí vách ngăn riêng tư trong khu nhà chật chội nhưng trần nhà thấp, ẩm thấp khiến cuộc sống sinh hoạt rất khó chịu.
Những người hành hương theo đạo Tin lành chiếm thiểu số trên Mayflower, chỉ có 41 trong số 102 hành khách. Đầu hành trình, những người hành hương đã cố gắng áp đặt niềm tin tôn giáo của họ lên những người bạn cùng tàu của họ, những người mà họ nghi ngờ vì sự phản kháng của họ. Cuối cùng, hai nhóm nhận ra rằng hợp tác là cách duy nhất để họ có thể tồn tại trong chuyến đi và phát triển thịnh vượng trong thế giới mới, và họ đã ký Thỏa thuận Mayflower để thành lập một tổ chức dân sự. Thỏa thuận này đã trở thành một trong những tiền thân của chế độ dân chủ hiện đại và là khuôn mẫu cho chính phủ sau này ở châu Mỹ.
