Năm 1980, Clarksville Natural Grocery hợp nhất với Safer Way Natural Foods của Austin, Texas, để trở thành Whole Foods Market. Một trận lũ lụt vào năm sau đã làm hư hại nghiêm trọng cửa hàng, hàng tồn kho và thiết bị.
Sự mở rộng ban đầu của Whole Foods là thông qua việc hợp nhất và mua lại các cửa hàng và công ty khác. Các chợ Whole Foods đầu tiên bên ngoài Austin là ở Houston và Dallas. Năm 1988, Whole Foods Market mua lại The Whole Food Company of New Orleans, lần đầu tiên mở rộng ra ngoài Texas. Trong suốt những năm 1990 và đầu những năm 2000, công ty tiếp tục mua lại các cửa hàng thực phẩm tự nhiên và xây dựng các cửa hàng mới. Tính đến năm 2015, Whole Foods điều hành hơn 420 cửa hàng ở Hoa Kỳ, Canada và Vương quốc Anh.
