Chức năng chính của que khuấy là khuấy dung dịch bằng tay. Tuy nhiên, que khuấy có những công dụng khác trong phòng thí nghiệm, bao gồm cả việc giúp gạn chất lỏng khỏi vật chứa, phá vỡ nhũ tương và tạo kết tinh.
Que khuấy được sử dụng để gạn hoặc rót chất lỏng từ từ. Đổ chậm là điều cần thiết khi làm việc với các hóa chất nguy hiểm tiềm ẩn có thể phản ứng quá nhanh. Dùng que khuấy để gạn chất lỏng giúp dễ dàng giữ kết tủa ở đáy cốc vì chất lỏng đổ ra chậm hơn, giảm khả năng khuấy động chất rắn.
Để tạo ra sự kết tinh trong thí nghiệm kết tinh lại, thanh khuấy thủy tinh được cạo vào bên trong của bình có chứa dung dịch.
