Chức năng chính của ruột non là hấp thụ thức ăn và chất dinh dưỡng. Khi thức ăn đi vào dạ dày, axit bắt đầu phân hủy nó và một số chất dinh dưỡng được hấp thụ trong dạ dày. Sau đó, thức ăn sẽ đi vào ruột non, nơi các enzym và natri bicarbonat chảy vào từ tuyến tụy để trung hòa bất kỳ axit còn lại trong dạ dày và phá vỡ các chất dinh dưỡng còn lại. Ruột già hấp thụ nước và tạo ra phân.
Ruột non cũng đóng một vai trò trong hệ thống miễn dịch của cơ thể. Hệ vi khuẩn đường ruột Probiotic không chỉ hỗ trợ tiêu hóa các hợp chất gây phiền toái mà còn tăng phản ứng miễn dịch của cơ thể.Khi thức ăn đi vào ruột non, cơ thể xử lý từng loại phân tử khác nhau. Lipid phân hủy thành axit béo và glycerol, trong khi protein phân hủy thành axit amin và peptit để dễ dàng hấp thụ vào cơ thể. Carbohydrate có thể phân hủy thành đường đơn, nhưng các phân tử carbohydrate phức tạp có thể đi qua ruột non một cách tương đối nguyên vẹn. Khi chúng đến ruột già, vi khuẩn sẽ phá vỡ chúng và tạo ra khí ruột như một sản phẩm phụ. Đây là lý do tại sao thực phẩm giàu carbohydrate phức tạp, chẳng hạn như đậu, có thể gây khó chịu cho đường ruột. Để chống lại hiệu ứng này, các enzym đặc biệt sẽ phá vỡ các carbohydrate phức tạp trước khi vi khuẩn có cơ hội tiêu thụ chúng, ngăn chặn việc giải phóng khí.