Chất thải chuyển hóa, còn được gọi là chất bài tiết, là những chất được tạo ra từ các hoạt động trao đổi chất của cơ thể sống. Những chất này không được sinh vật sử dụng và do đó được đào thải ra ngoài. Các chất bài tiết này bao gồm carbon dioxide, các hợp chất nitơ, sulfat, phốt phát và nước.
Động vật bài tiết chất thải trao đổi chất vì chúng không hữu ích, nhưng thực vật có khả năng biến đổi một số chất thải này thành chất hữu ích.
Các chất thải chuyển hóa được thải ra ngoài qua các cơ quan bài tiết như thận và ống malpighian. Da, là cơ quan lớn nhất trong cơ thể con người, đồng thời cũng đóng vai trò là cơ quan bài tiết. Da có các tuyến mồ hôi bài tiết mồ hôi qua lỗ chân lông. Mồ hôi bao gồm muối, nước và chất thải nitơ.Urê, amoniac và axit uric là ba chất thải nitơ được loại bỏ khỏi sinh vật. Những chất này được tạo ra từ quá trình chuyển hóa protein và khá độc hại. Cần nhiều nước để bài tiết amoniac do nó có độc tính cao. Urê ít độc hơn amoniac, do đó cần ít nước hơn để bài tiết. Axit uric ít độc hơn urê và amoniac, và chỉ cần một lượng nhỏ nước để bài tiết.
Các chất thải chuyển hóa, chẳng hạn như carbon dioxide, được hình thành trong quá trình dị hóa carbohydrate và lipid trong các phản ứng ngưng tụ. Dị hóa là một quá trình trao đổi chất, trong đó các phân tử phức tạp, chẳng hạn như lipid, protein và axit nucleic, được chia thành các đơn vị nhỏ hơn với sự giải phóng năng lượng. Carbon dioxide là chất thải của động vật và thực vật vào ban đêm.