Mối quan hệ giữa nguyên tử và phân tử là cách phân tử được tạo thành từ các nguyên tử. Các nguyên tử nằm trong nhóm từ hai trở lên được gọi là phân tử.
Nguyên tử là cơ sở cho sự sống và chúng là phần nhỏ nhất của bất kỳ loại nguyên tố nào. Mọi thứ đều bao gồm các nguyên tử và không có gì nhỏ hơn nguyên tử. Bất cứ thứ gì nhỏ hơn nguyên tử không còn là một phần của nguyên tố ban đầu. Hầu hết, nếu không phải là tất cả, các nguyên tử ở lại với nhau thành nhóm hai hoặc nhiều hơn. Những nhóm này, được gọi là phân tử, là những gì làm cho các nguyên tố trở thành một tổ hợp phức tạp của các thành phần khác nhau.
Có nhiều điều khác nhau mà phân tử làm để giúp hình thành các nguyên tố lớn hơn và tốt hơn. Sự kết hợp của các phân tử với nhau tạo nên một hợp chất. Ví dụ, nước được tạo thành từ các nguyên tố hydro và oxy, khiến nó trở thành một loại hợp chất. Hợp chất là những hệ thống phức tạp vì chúng là một nguyên tố được tạo thành từ hai phân tử, chúng được tạo thành từ hai hoặc nhiều nguyên tử. Một cách dễ dàng để xác định một cái gì đó là nguyên tử, hợp chất hay phân tử là các nguyên tử nói chung không có tên cho đến khi chúng được hình thành thành phân tử. Các phân tử thường có tên, chẳng hạn như hydro hoặc oxy và chúng kết hợp với nhau để tạo ra những thứ có tên thật, chẳng hạn như nước.
