Chỉ huy quân đội Liên minh miền Nam là Tướng Robert E. Lee. Lee ban đầu được Tổng thống Lincoln đề nghị chỉ huy Quân đội Liên minh, nhưng ông đã từ chối lời đề nghị này vì không muốn chiến đấu chống lại những người đồng hương của mình.
Tướng Robert E. Lee là một sĩ quan quân đội trọn đời. Anh theo học tại Học viện Quân sự Hoa Kỳ tại West Point và tốt nghiệp hạng nhì trong lớp. Sau khi từ chối lời đề nghị của Tổng thống Lincoln về việc lãnh đạo Quân đội Liên minh, Lee gia nhập Quân đội Liên minh mới được thành lập khi Virginia ly khai khỏi Hoa Kỳ. Ông đã nhiều lần âm mưu xâm lược phương Bắc nhưng cuối cùng không thành công. Năm 1865, Lee đầu hàng Tướng Ulysses S. Grant tại Tòa án Appomattox để kết thúc Nội chiến.
