Tổng chỉ huy Quân đội Liên minh miền Nam là Jefferson Davis, người cũng là chủ tịch của Liên minh miền Nam Hoa Kỳ từ năm 1861 đến năm 1865. Có nhiều nhà lãnh đạo Quân đội Liên minh miền Nam phục vụ dưới quyền Jefferson Davis. Một số vị tướng nổi tiếng của Liên minh miền Nam là Robert E. Lee, John Bell Hood, Thomas "Stonewall" Jackson và Braxton Bragg.
Trong khi Bragg lãnh đạo Quân đội Tennessee vào năm 1862, Jackson đã chiến đấu trong Trận Bull Run đầu tiên. Tướng Lee là một chỉ huy quan trọng trong Nội chiến. Khi chiến tranh kết thúc, ông đầu hàng lực lượng cuối cùng của Liên minh miền Nam tại Appomattox cho Tướng Ulysses S. Grant vào tháng 4 năm 1865.
Nội chiến kéo dài từ năm 1861 đến năm 1865. Về nhân lực, lực lượng miền nam đông hơn 2 chọi 1. Đó là một cuộc chiến tốn kém mà gần 620.000 binh sĩ đã chết.
