Trong Nội chiến, Lincoln đã thuê bốn tướng chỉ huy của Quân đội Liên minh: Winfield Scott, George McClellan, Henry Halleck và Ulysses S. Grant. Tổng thống Lincoln nổi tiếng là thất vọng về sự lãnh đạo của Liên minh trong thời kỳ đầu một phần của cuộc chiến, cho đến khi Grant được bổ nhiệm vào chức vụ và những chiến thắng sau đó.
Winfield Scott chỉ huy quân đội Liên minh khi chiến tranh bùng nổ và kêu gọi thận trọng hơn là một cuộc tấn công ào ạt vào Virginia. Khi Lincoln phản đối kế hoạch của mình và cuộc tấn công thất bại, Scott từ chức. Lincoln sau đó bổ nhiệm George McClellan, người có lỗi lớn nhất là đánh giá quá cao quân miền Nam và từ chối hành động cho đến khi ông ta cảm thấy mình được cung cấp và tăng cường hợp lý. Lincoln thay thế anh ta bằng Henry Halleck, chỉ để phát hiện ra Halleck đã làm một công việc kém cỏi trong việc quản lý các tướng lĩnh của mình. Chỉ sau khi bổ nhiệm Ulysses S. Grant, sau những chiến thắng của ông ở phương Tây, Liên minh mới tìm được một vị tướng có năng lực.
