Nhà lãnh đạo nổi tiếng nhất của quân đội miền Nam là Robert Edward Lee, người bắt đầu chỉ huy Quân đội miền Nam miền Bắc Virginia vào ngày 1 tháng 6 năm 1862. Ông trở thành tổng tư lệnh của tất cả các lực lượng miền Nam vào ngày 31 tháng 1 năm 1865, sớm đầu hàng Đại tướng Liên minh Ulysses S. Grant vào ngày 29 tháng 3 năm 1865.
Tướng Thomas Jonathan Jackson, được gọi là Stonewall Jackson, chịu trách nhiệm về chiến thắng trong Trận Bull Run đầu tiên, Antietam, Fredericksburg và Harpers Ferry. Ông chết trong trận Chancellorsville vào ngày 2 tháng 5 năm 1863. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston và Nathan Bedford Forrest, những người sau này thành lập Ku Klux Klan, cũng là những thủ lĩnh của quân đội miền Nam.
