Sữa chua có chứa vi khuẩn có lợi được gọi là men vi sinh. Thông thường, lợi khuẩn được tìm thấy trong sữa chua là từ loài Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus hoặc Streptococcus thermophilus. Đây là cả hai loài vi khuẩn phát triển mạnh trong đường tiêu hóa của con người và thúc đẩy hệ vi khuẩn đường ruột khỏe mạnh.
Trong quá trình sản xuất, sữa chua thường được làm nóng đến ít nhất 80 độ F để tiêu diệt bất kỳ vi khuẩn có hại nào trong quá trình nuôi cấy sữa chua. Chế phẩm sinh học được thêm vào sau khi hỗn hợp sữa chua được làm nóng và làm lạnh lại. Quá trình lên men, đông đặc và đông đặc diễn ra trong 4 đến 7 giờ tiếp theo sau khi làm lạnh, lúc đó sữa chua đã sẵn sàng để ăn.