Các linh mục dòng Phanxicô thành lập Mission San Juan Capistrano để mở rộng ảnh hưởng của Tây Ban Nha trong khu vực và chuyển đổi người bản địa sang Cơ đốc giáo. Khi Mexico giành độc lập, thống đốc địa phương đã bán sứ mệnh cho một gia đình tư nhân, nhưng sau khi California trở thành một bang, Tổng thống Abraham Lincoln đã trả lại sứ mệnh cho Giáo hội Công giáo.
Cha Fermin Lasuen lần đầu tiên cố gắng thành lập nhà truyền giáo vào năm 1775, nhưng sau khi nghe tin về một cuộc nổi dậy của người Ấn Độ ở San Diego, các linh mục đã chôn các chuông truyền giáo và bỏ địa điểm. Cha Junipero Serra đã thu hồi những chiếc chuông và chính thức thành lập đoàn truyền giáo vào ngày 1 tháng 11 năm 1776. Khi người da đỏ địa phương, người Juaneno, giúp xây dựng nhà thờ và các công trình khác, các linh mục đã tích cực truyền đạo cho họ. Những người Ấn Độ sau khi được rửa tội có nghĩa vụ thay đổi tên và phong tục xã hội, học tiếng Tây Ban Nha và giáo lý Công giáo, đồng thời tuân theo các quy tắc nghiêm ngặt do các linh mục áp đặt, bao gồm cả việc không được rời khỏi nhiệm vụ mà không được phép. Đến năm 1806, truyền giáo đã phát triển mạnh mẽ và có hơn 1.000 cư dân. Sau khoảng thời gian đó, nhiệm vụ bắt đầu giảm sút.
Năm 1812, một trận động đất đã phá hủy nhà thờ đá của giáo điểm. Năm 1845, thống đốc Mexico đã bán sứ mệnh cho anh rể của mình, John Forster, và nó được sử dụng như một trang trại. California trở thành một tiểu bang vào năm 1850, và vào năm 1865, Lincoln đã ký một văn bản nhượng lại quyền sở hữu cho Nhà thờ Công giáo. Trong suốt thế kỷ 20, nó đã trải qua nhiều đợt trùng tu. Tính đến năm 2015, một bảo tàng và nhà thờ đã có trong khuôn viên và rất nhiều du khách đến để xem cuộc di cư hàng năm của đàn én Capistrano.
