Thụ phấn trong nước xảy ra khi phấn hoa trôi trên mặt nước tiếp xúc trực tiếp với hoa, do đó cho phép một số loài thực vật sinh sản. Các loài thực vật sử dụng kiểu thụ phấn này là cỏ dại trong nước và cỏ dại trong ao, theo Sở Lâm nghiệp Hoa Kỳ . Tên kỹ thuật của thụ phấn nước là ưa nước bề mặt.
Sự thụ phấn trong nước hoạt động do các dòng nước mang phấn hoa trên sông hoặc hồ. Hoa giải phóng phấn hoa, và các hạt phấn trôi sang một bông hoa khác một cách thụ động. Đôi khi, phấn hoa đi dưới nước để nảy mầm. Phương pháp sinh sản rất phức tạp này hoạt động với các cây có hoa cùng loài. Hoa cần tạo nhiều phấn hoa để tăng cơ hội sinh sản của cây.
Sự thụ phấn trong nước là rất hiếm, vì hầu hết các loài thực vật có hoa thụ phấn cho hoa nhờ côn trùng hoặc gió. Tại Hoa Kỳ, các loài thực vật thụ phấn trong nước được coi là xâm lấn, vì những loài thực vật này thường được tìm thấy ở Úc. Thực vật sử dụng nước để thụ phấn không cần tiêu tốn nhiều năng lượng tạo ra màu sắc tươi sáng hoặc mùi để thu hút côn trùng sinh sản.
Sự thụ phấn tạo ra một hạt giống duy nhất về mặt di truyền trong hoa để đảm bảo sự khác biệt. Bằng cách đó, thế hệ con của cây có cơ hội sống sót sau những thay đổi mạnh mẽ của môi trường. Sự phân hóa tốt hơn theo thời gian dẫn đến sự chọn lọc tiến hóa tốt hơn so với các quần thể lớn.