Một cách mà sinh vật nguyên sinh được coi là nguyên thủy là chúng hầu hết là đơn bào và những sinh vật đa bào không tổ chức tế bào của chúng thành các mô chuyên biệt. Tuy nhiên, sinh vật nguyên sinh vẫn tiến hóa miễn là sự sống khác trên Trái đất và không nhất thiết phải là những sinh vật nguyên thủy.
Ban đầu, các nhà khoa học cho rằng sinh vật nguyên sinh là những sinh vật nguyên thủy nhất còn sống và hình dạng của chúng vẫn ổn định trong suốt hàng tỷ năm sự sống đã tồn tại trên Trái đất. Hiện nay người ta biết rằng những điểm tương đồng giữa các sinh vật nguyên sinh thực ra chỉ là bề ngoài, và chúng thực sự là nhiều nhóm sinh vật khác nhau đã thay đổi và thích nghi trong hàng tỷ năm. Một số sinh vật nguyên sinh có nguồn gốc từ các tổ tiên phức tạp hơn. Do đó, tổ chức có vẻ nguyên thủy của chúng có thể không đại diện cho các dạng sống thực sự nguyên thủy.
Nguyên sinh vật được định nghĩa không phải theo nghĩa nguyên thủy được cho là của chúng mà là do không có khả năng đặt chúng một cách thoải mái trong giới thực vật, động vật hoặc nấm. Nhiều nhà khoa học hoàn toàn không công nhận loài này có giá trị về mặt sinh học, vì nguyên sinh vật rất đa dạng và có nhiều nguồn gốc.
