Phân loại khoa học thích hợp cho bất kỳ loài khỉ nào là "simian" hoặc "linh trưởng". Tuy nhiên, có hơn 260 loài khỉ, không bao gồm hominids, thuộc về loài Simiiformes hạ tầng.
Khỉ tạo thành một bộ sưu tập động vật đa dạng, bao gồm cả động vật linh trưởng trên cạn và trên cạn, mỗi loài có tên khoa học hoặc phân loại cụ thể riêng. Bộ sưu tập này được chia thành nhiều loài khỉ ở Cựu thế giới, được tìm thấy ở châu Á và châu Phi, và loài khỉ ở Thế giới mới được tìm thấy ở châu Mỹ. Chúng bao gồm khỉ đầu chó, marmoset và khỉ nhện. Thuật ngữ "khỉ" cũng thường được sử dụng thay thế cho "vượn", thường dùng để chỉ các loài vượn lớn; đó là tinh tinh, khỉ đột và đười ươi.