Hạt nhân gián tiếp kiểm soát những gì xảy ra trong lysosome bằng cách tạo ra DNA được sao chép thành một protein, sau đó liên kết với DNA tạo nên lysosome. Lysosome, những túi nhỏ chứa đầy enzyme, chịu trách nhiệm tiêu hóa các phần tử lạ hoặc các phân tử dư thừa trong tế bào. Loại DNA đầu tiên này có khả năng kích hoạt một số gen nhất định trong DNA xây dựng lysosome, do đó kiểm soát các đặc điểm và chức năng của lysosome.
Gen kiểm soát sản xuất lysosome trong nhân được gọi là TFEB. Một gen TFEB có thể tạo ra nhiều protein nhân bản, mỗi protein liên kết với gen công nhân mới và kích hoạt chúng. Bên trong nhân, các protein được gọi là yếu tố phiên mã chịu trách nhiệm kích hoạt TFEB. Họ biến đổi nó từ DNA thành RNA, có thể được sao chép thành một protein. Do đó, hạt nhân có quyền kiểm soát số lượng protein tạo lysosome được tạo ra và tốc độ ra sao. Theo Tạp chí Khoa học, nếu có sự sản xuất quá mức của gen TFEB, thì cũng có sự sản xuất quá mức của lysosome.
Các enzym được tìm thấy trong lysosome không phải được sản xuất bởi nhân mà bởi một cơ quan được gọi là bộ máy Golgi. Các enzym này có khả năng tiêu hóa protein, đường, chất béo và các chất béo khác, axit nucleic và vi khuẩn có hại từ bên ngoài tế bào.
