Iốt thường được sử dụng để nhuộm tế bào hành tây trước khi kiểm tra bằng kính hiển vi để tăng cường khả năng hiển thị của tế bào. Nhiều tế bào, bao gồm cả hành tây và các loại rau khác, thường trong suốt. Khi các tế bào không nhuộm màu được quan sát dưới kính hiển vi, ánh sáng đi trực tiếp qua các cấu trúc khác nhau của tế bào để lộ rất ít hoặc không có chi tiết. Ngược lại, khi sử dụng iốt hoặc các thuốc nhuộm khác, tế bào sẽ hấp thụ thuốc nhuộm vào các cơ quan và cấu trúc khác nhau của nó, ngăn chặn ánh sáng và cho phép mắt người quan sát phát hiện các chi tiết của tế bào.
Iốt không phải là thuốc nhuộm duy nhất được sử dụng trong các bài kiểm tra bằng kính hiển vi. Iốt, màu thực phẩm, xanh malachit và xanh metylen là những loại thuốc nhuộm phổ biến và dễ tiếp cận. Xanh malachite và xanh methylen đều có bán tại các cửa hàng cá cảnh chuyên dụng, nhưng iốt và phẩm màu thực phẩm có bán ở hầu hết các cửa hàng thuốc và cửa hàng tạp hóa.
Các loại cấu trúc tế bào khác nhau hoạt động tốt hơn với các loại thuốc nhuộm khác nhau. Do đó, các nhà khoa học có thể sử dụng một loại thuốc nhuộm được điều chỉnh cho phù hợp với cơ quan cụ thể. Ngoài ra, các nhà khoa học có thể sử dụng nhiều loại thuốc nhuộm để làm nổi bật nhiều bộ phận khác nhau của tế bào thực vật hoặc động vật. Các nhà khoa học phải luôn chăm sóc vì thuốc nhuộm không chỉ làm ố các tế bào. Chúng cũng có thể làm ố bàn tay và da của các nhà khoa học.
