Tảo và động vật nguyên sinh ở cùng một vương quốc, Protista, bởi vì quá trình hình thành ban đầu của vương quốc này được thực hiện trên cơ sở bề ngoài giống nhau và những sinh vật nhân thực và phần lớn là đơn bào này dường như giống nhau hơn bất kỳ nhóm khác. Ba nhóm sinh vật chính - động vật nguyên sinh, tảo và nấm mốc - không có quan hệ đặc biệt chặt chẽ với nhau. Nấm men, mặc dù là sinh vật nhân chuẩn đơn bào nhưng được phân loại là nấm, không phải sinh vật nguyên sinh.
Protista thực sự là một vương quốc của các sinh vật không phù hợp với bất kỳ vương quốc đã thành lập nào khác. Trong khi đặc điểm tổng thể của nó là của các sinh vật đơn bào có nhân, nhiều loài đa bào, đặc biệt là tảo, được bao gồm trong đó. Nấm nhầy, một nhóm không liên quan khác, đôi khi phát triển như những tế bào đơn khổng lồ, vĩ mô với hàng triệu hạt nhân, theo Intermountain Herbarium tại Utah State Univerisity. Nguyên sinh được định nghĩa nhiều hơn bởi những gì chúng không phải là những gì chúng đang có và định nghĩa này đang gây tranh cãi.
Việc phân loại tảo đặc biệt bị tranh cãi. Tảo bao gồm hầu hết các sinh vật nguyên sinh quang hợp, nhưng một số nhóm, chẳng hạn như tảo đơn bào, thực sự có quan hệ gần gũi với động vật nguyên sinh hơn tảo, chẳng hạn như tảo bẹ. Hơn nữa, sự phân biệt giữa nhiều loại tảo, đặc biệt là tảo đa bào và thực vật không được xác định rõ ràng và một số nhà khoa học đề xuất chúng nên được nhóm lại với nhau ngoài động vật nguyên sinh.
