Nấm là chìa khóa của hệ sinh thái vì chúng hoạt động như những chất phân hủy chính, cộng sinh thực vật và ký sinh. Nấm phân hủy rất thích nghi để phá vỡ các mô thực vật, đặc biệt là gỗ và trả lại một lượng lớn carbon vào bầu không khí bằng cách làm như vậy. Do đó, chúng là những phần chính của chu trình carbon.
Mặc dù gỗ phân hủy là một trong những vai trò quan trọng nhất của chúng, nấm cũng phân hủy các vật liệu hữu cơ khác. Nấm cũng giúp xử lý đất, phân hủy cỏ và phân động vật. Nếu không có những chất phân hủy này, những vật liệu này sẽ tồn tại trong môi trường lâu hơn trước khi chuyển hóa thành vật liệu hữu ích cho các sinh vật khác.
Các loại nấm khác giúp cây phát triển. Các loại nấm này phát triển đan xen vào rễ cây, tiếp nhận nước và các hợp chất hữu cơ để đổi lấy một số khoáng chất cần thiết cho cây dễ tiếp cận hơn. Các loài nấm riêng lẻ thường đặc trưng cho một loài cây cụ thể. Nấm thường không thể tồn tại nếu không có cây cối, trong khi cây cối cũng không phát triển nếu không có nấm.
Nấm ký sinh có thể rất phá hoại, tấn công cả thực vật và động vật. Chúng bao gồm các mầm bệnh thực vật nguy hiểm nhất. Riêng một loài bị nghi là đã phá hủy hàng tỷ cây dẻ. Nấm ký sinh cũng có thể tấn công con người, gây ra các bệnh như viêm phổi.
