Vết bẩn âm tính không làm mất màu tế bào vì thành tế bào của vi khuẩn đẩy lùi thuốc nhuộm. Thuốc nhuộm được sử dụng cho vết bẩn âm tính có tính axit và không thấm vào thành tế bào tích điện âm. Do đó, chỉ nền của trang trình bày sẽ được tô màu.
Ưu điểm chính của việc sử dụng vết bẩn âm tính so với vết bẩn dương là có thể thực hiện vết bẩn âm tính mà không cần phải gia nhiệt cố định mẫu, cho phép mẫu được bảo quản nhiều nhất có thể mà không bị biến dạng. Bằng cách sử dụng quy trình này, hình thái, cách sắp xếp và kích thước của vi khuẩn được bảo toàn và có thể được xác định chính xác hơn.
