Chim cánh cụt đang bị đe dọa tuyệt chủng do các hoạt động đánh bắt quy mô lớn làm giảm nguồn cung cấp thức ăn của chúng, những kẻ săn trộm lấy trứng và giết con trưởng thành để lấy dầu và dầu tràn gây ô nhiễm môi trường của chúng và giết chết hàng nghìn con chim cánh cụt cùng một lúc. Các quần thể chim cánh cụt cũng bị đe dọa bởi biến đổi khí hậu khi băng biển tan chảy, loại bỏ các khu vực kiếm ăn và nơi sinh sản của chúng.
Biến đổi khí hậu là mối đe dọa lớn nhất đối với sự tồn tại của chim cánh cụt và là mối đe dọa khó đối phó nhất; chim cánh cụt được bảo vệ khỏi bị tổn hại theo Đạo luật về các loài có nguy cơ tuyệt chủng năm 1973 và được các nhóm bảo vệ môi trường giải cứu trong thời gian tràn dầu, nhưng môi trường sống ngày càng giảm và nguồn cung cấp thức ăn cạn kiệt khiến chúng khó sinh sản hoặc phát triển. Ngay cả những con chim cánh cụt bên ngoài Nam Cực cũng bị đe dọa bởi biến đổi khí hậu. Chim cánh cụt châu Phi ăn cá mòi và cá cơm theo dòng chảy ra khỏi các hòn đảo nhỏ, nhưng biến đổi khí hậu đang khiến các dòng chảy ngày càng xa nhà của chim cánh cụt và ra khỏi lãnh thổ của chúng.
Chim cánh cụt cũng bị đe dọa bởi các cuộc thám hiểm đánh cá thương mại. Trong khi một số ngư dân tham gia vào các nỗ lực bảo tồn và điều dưỡng bất kỳ động vật bị thương nào trở lại cuộc sống, chim cánh cụt vẫn phải cạnh tranh với con người để giành thức ăn. Chim cánh cụt cũng phải đối mặt với các mối đe dọa từ những kẻ săn mồi tự nhiên của chúng: cá mập, cá voi sát thủ, sư tử biển và hải cẩu báo.
