Động vật ăn thịt trên cạn của các loài chim cánh cụt khác nhau bao gồm thằn lằn, chồn hôi, rắn, các loài chim khác và chồn. Động vật ăn thịt dưới nước bao gồm phần lớn là cá voi sát thủ, hải cẩu báo và cá mập. Trong khi chim cánh cụt hiện đã được bảo vệ, con người đã được biết là săn bắn chúng trái phép để lấy dầu và trứng của chúng.
Những con chim không biết bay an toàn hơn trên cạn, với những con chim cánh cụt non, những quả trứng chim cánh cụt và chim bố mẹ bảo vệ chúng vì chúng có khả năng bị tấn công bởi những kẻ săn mồi trên cạn nhất. Mặc dù chúng có ít khả năng phòng thủ, nhưng chúng lại hành động mạnh mẽ đối với kẻ thù trên bộ. Vì chim cánh cụt bơi một mình trong vùng nước mở là loài thường bị tấn công nhất trên biển nên chúng có xu hướng săn mồi theo nhóm.
