Điều quan trọng là phải cân bằng máy ly tâm đúng cách vì máy không cân bằng có thể làm hỏng rôto, gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho chính máy hoặc thậm chí làm bị thương hoặc giết nhân viên phòng thí nghiệm làm việc trong phòng. Cân bằng máy ly tâm liên quan đến việc dàn trải trọng lượng của các mẫu trên toàn bộ rôto.
Khi có một số lượng mẫu chẵn, máy ly tâm có thể được cân bằng bằng cách chia tổng số ống làm đôi và đặt hai bộ vào rôto đối diện trực tiếp với nhau để tạo ra số ống bằng nhau ở mỗi bên. Ví dụ: một bộ sưu tập gồm tám mẫu được cân bằng bằng cách đặt bốn mẫu liên tiếp ở mỗi bên.
Khi có một số lượng mẫu lẻ, một ống cân bằng chứa chất lỏng có cùng thể tích và tỷ trọng với các mẫu thử nghiệm có thể được sử dụng để tạo ra một số lượng ống chẵn. Ngoài ra, có thể sắp xếp một số lượng ống lẻ bằng cách sử dụng mẫu thuật toán dựa trên số lượng ống mẫu cụ thể và số lượng rãnh có sẵn trong rôto máy ly tâm. Ví dụ: trong rôto 12 rãnh, có thể đạt được sự cân bằng bằng cách đặt ba ống mẫu theo hình tam giác, để lại ba rãnh trống giữa mỗi rãnh được lấp đầy.
