Zyklon B là một chất gây ngạt hóa học toàn thân, ngăn chặn quá trình hấp thụ oxy của tế bào bằng cách liên kết với sắt trong máu, gây ra tình trạng thiếu oxy gây độc tế bào. Các triệu chứng ban đầu bao gồm mạch yếu, thở nhanh, nôn mửa và co giật. Nhịp tim chậm lại, nhiệt độ cơ thể giảm xuống, nạn nhân hôn mê và tử vong.
Khi nồng độ Zyklon B tăng lên, tử vong xảy ra nhanh hơn. Các triệu chứng ngộ độc xảy ra do hít phải ở mức 20 phần triệu; trong khi đó, tử vong xảy ra trong vòng chưa đầy một phút tiếp xúc với mức 2.000 phần triệu, giải thích của Bộ luật Quản lý Xyanua Quốc tế.
Theo Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh, Zyklon B ảnh hưởng trực tiếp đến các hệ cơ quan nhạy cảm với lượng oxy thấp, chẳng hạn như hệ thần kinh trung ương, hệ tim mạch và hệ thống phổi. Hít phải hòa tan nhanh chóng clohydric xyanua khi tiếp xúc với màng nhầy ẩm của mắt, mũi và miệng. Việc tiếp xúc với da sẽ tăng tốc nếu da bị cắt, ẩm hoặc bị mài mòn.Độc tính đối với con người phụ thuộc vào phương pháp tiếp xúc và thay đổi dựa trên tác dụng đáp ứng liều lượng của các cá nhân khác nhau; tuy nhiên, quá trình sinh hóa nhất quán trong việc xâm nhập vào máu như được mô tả bởi Bộ luật Quản lý Xyanua Quốc tế. Ngăn cản quá trình hấp thụ oxy trong máu khiến cơ thể chuyển sang chế độ chuyển hóa kỵ khí. Axit lactic tích tụ trong máu gây nhiễm axit lactate. Tác động kết hợp của tình trạng thiếu oxy gây độc tế bào và nhiễm toan lactat dẫn đến suy nhược hệ thần kinh trung ương, ngừng hô hấp và cuối cùng là tử vong, Bộ luật Quản lý Xyanua Quốc tế lưu ý.
