Tất cả các sinh vật nguyên sinh đều cần môi trường nước để sinh tồn, bao gồm nước ngọt hoặc nước biển, tuyết hoặc các khu vực rừng ẩm ướt. Nhiều loại sinh vật nguyên sinh, bao gồm cả sinh vật phù du và tảo, rất quan trọng đối với hệ sinh thái của chúng, trong khi một số có thể gây ốm đau và bệnh tật.
Có ba loại sinh vật nguyên sinh chính: tảo, sinh vật giống nấm và sinh vật nguyên sinh. Động vật nguyên sinh là những sinh vật giống động vật ăn thức ăn của chúng thông qua các cấu trúc giống như miệng. Chúng ăn vi khuẩn và các sinh vật đơn bào khác. Amip là động vật nguyên sinh sống ở môi trường nước ngọt, khi ăn phải chúng có thể gây chướng bụng.
Tảo sản xuất thức ăn theo cách giống như thực vật thông qua quá trình quang hợp và thường có thể trở nên dồi dào trong nước đến mức có thể khiến nước có màu đỏ giống như thủy triều đỏ. Các loài tảo hai roi được tìm thấy trong thủy triều đỏ rất độc đối với con người và có thể ảnh hưởng đến các loài động vật có vỏ sống trong khu vực. Chlorophyta được biết đến nhiều nhất là tảo lục. Đây là nhóm tảo duy nhất có chứa chất diệp lục B, vì vậy nó thường là tổ tiên tiến hóa của thực vật.
Sinh vật nguyên sinh giống nấm được gọi là nấm mốc. Chúng hấp thụ chất dinh dưỡng từ môi trường và có xu hướng sống trong gỗ mục nát. Cơ thể của nấm nhầy chỉ đơn giản là một khối tế bào chất khổng lồ có chuyển động của amip. Chúng cũng có màu đỏ tươi hoặc màu cam.
