Chó Shiba Inu không gây dị ứng. Chó ít gây dị ứng có nghĩa là tạo ra chất gây dị ứng với tốc độ dưới mức bình thường. Tuy nhiên, nghiên cứu chỉ ra rằng những giống chó như vậy có thể không tồn tại.
Không có loài chó nào được biết là hoàn toàn không gây dị ứng. Tuy nhiên, một số con chó được quảng cáo là có ít chất gây dị ứng hơn hoặc tương thích hơn với những người bị dị ứng vì chúng có bộ lông không thu hút các chất gây dị ứng. Mặc dù mức độ chất gây dị ứng khác nhau ở mỗi con chó, nhưng sự khác biệt này không dựa trên giống chó.
Chó Shiba Inu có bộ lông kép với phần trên thẳng, cứng và phần dưới mềm, dày. Lông trên mặt, tai và chân của chúng ngắn và mượt.