Rùa thở bằng cách lấy oxy vào phổi và giải phóng carbon dioxide khi thở ra. Rùa nước giữ oxy trong phổi lâu hơn các động vật khác, cho phép chúng chìm hoàn toàn trong nhiều giờ mà không cần chạy ngoài không khí.
Một số loài rùa cũng có thể sử dụng khoang hậu môn để thở. Những con rùa này kéo nước vào khoang hậu môn của chúng, nơi các túi thu nước và lọc oxy. Điều này cho phép con rùa vẫn chìm trong nước mà không cần phải nổi lên trên không. Phương pháp thở này có thể đã được phát triển để bảo vệ rùa khỏi những kẻ săn mồi hoặc hoạt động như một hình thức thở dự phòng trong trường hợp rùa không thể nổi.
