Phân bón gây hại cho môi trường bằng cách làm ô nhiễm đất và nước, gây nguy hiểm cho sức khỏe của các sinh vật sống trong những không gian đó. Sinh vật thủy sinh có thể bị ảnh hưởng khi nồng độ oxy trong nước giảm xuống dưới mức tiêu chuẩn.
Phân bón thường thiếu khoáng chất có lợi cho môi trường. Theo thời gian, chúng có thể làm hỏng đất. Phân bón không những có thể khiến đất thiếu dinh dưỡng mà còn có thể rò rỉ vào thực phẩm dùng để tiêu thụ, gây nguy hiểm cho sức khỏe con người. Phân bón tiêu diệt các vi sinh vật có lợi cho đất và sự sống phụ thuộc vào đất để phát triển, bao gồm cả thực vật và các sinh vật khác. Ảnh hưởng của phân bón có thể lâu dài và khó quản lý. Một số giải pháp để khắc phục thiệt hại do phân bón có thể thực hiện được và có thể được áp dụng cho cả nông nghiệp gia đình và doanh nghiệp. Chúng bao gồm sử dụng ít phân bón hơn hoặc chuyển sang phân bón hữu cơ và không độc hại.Phân tích là một tùy chọn khác. Trước khi trồng, hãy thực hiện một số bài kiểm tra đất cơ bản để xác định xem nền đất có thích hợp cho sự phát triển của cây trồng hay không, vì đất khỏe hơn sẽ thúc đẩy sự phát triển. Một kỹ thuật được gọi là quản lý dịch hại tổng hợp là một phương pháp được sử dụng để kiểm soát dịch hại trong môi trường vườn hoặc trang trại và tăng cường sự phát triển của cây trồng mà không cần dùng đến phân bón gây hại cho môi trường.
