Tác động phổ biến nhất của ô nhiễm nước đối với con người là bệnh tật. Nước uống bị ô nhiễm bởi các vi sinh vật mang bệnh, còn được gọi là mầm bệnh, gây ra các bệnh lây truyền qua đường nước khác nhau, chẳng hạn như thương hàn, kiết lỵ, viêm gan và dịch tả.
Các chất ô nhiễm hóa học, cặn chất thải công nghiệp và chất thải độc hại có thể gây ra các vấn đề sức khỏe lâu dài cho con người, đặc biệt là khi chúng gây ô nhiễm cho cá. Các sinh vật sống dưới nước, chẳng hạn như cá, có thể vô tình tiêu thụ các chất độc hại, đó là cách chất độc chuyển vào cơ thể con người.
Tình trạng sức khỏe có thể xảy ra do uống nước có chứa hóa chất hoặc chất thải độc hại bao gồm suy nội tạng, dị tật cơ thể và thậm chí tử vong.
Sự hiện diện của vi khuẩn Escherichia coli, thường được gọi là E. coli, trong nguồn nước là một dấu hiệu cho thấy sự hiện diện của chất thải của con người hoặc động vật trong nước. Vi khuẩn này là một loại vi khuẩn coliform trong phân được tìm thấy trong ruột của người và động vật. Uống nước có chứa vi khuẩn E.coli có thể gây tiêu chảy, đau quặn bụng, đau đầu và buồn nôn. Trẻ nhỏ và người cao tuổi có thể dễ bị tác động bất lợi của vi khuẩn E.coli hơn vì hệ miễn dịch của họ rất mỏng manh.
Nước ô nhiễm cũng là nơi sinh sản của muỗi. Muỗi đốt có thể ảnh hưởng đến sức khỏe con người và gây ra các bệnh như sốt rét và sốt xuất huyết.