National Geographic phỏng đoán rằng núi Phú Sĩ đang phát triển một trữ lượng lớn magma bazan dựa trên sự gia tăng các trận động đất được ghi nhận lần đầu tiên vào đầu những năm 2000. Nhiệt và khí do magma bazan mang lên bề mặt gây ra những trận động đất này.
Sức tàn phá của vụ phun trào năm 1707 có thể đã làm thay đổi cấu trúc bên trong của núi lửa, có nghĩa là nó hiện có thể chứa một loại magma khác với trong quá khứ, khi núi lửa phun trào thường xuyên 30 năm một lần. Chính phủ Nhật Bản lo ngại rằng sự không hoạt động hiện tại của ngọn núi có thể cho phép nó tích trữ một loại magma dễ nổ hơn.
