Nhược điểm chính của việc sử dụng phân bón nhân tạo hoặc vô cơ, theo Clemson University Extension là chúng có nguy cơ gây ô nhiễm nguồn nước ngầm và một số loại phân bón vô cơ có thể gây hại cho cây trồng nếu chúng được để lại trên tán lá. Ngoài ra, chúng không bổ sung nhiều chất dinh dưỡng cho đất như phân hữu cơ và cần được bón thường xuyên hơn phân tự nhiên, theo Cơ quan Mở rộng Đại học Bang Oregon.
Các chất dinh dưỡng trong phân bón nhân tạo không ở trong đất quá lâu. Vì lý do này, người làm vườn phải bón phân vô cơ cho đất của họ thường xuyên hơn so với phân hữu cơ. Một số nhà sản xuất có bán các loại phân bón vô cơ giải phóng chất dinh dưỡng vào đất chậm hơn và do đó cần ít lần bón hơn.Phân bón nhân tạo trải qua một quá trình sản xuất, trong khi phân bón hữu cơ, chẳng hạn như phân chuồng, thường không trải qua loại xử lý này. Quá trình xử lý tạo ra loại phân bón có rất nhiều ba chất dinh dưỡng cơ bản mà cây trồng cần, đó là đạm, lân và kali. Bởi vì phân bón vô cơ có nồng độ cao của các khoáng chất này, chúng hoạt động nhanh hơn các loại phân bón như phân chuồng và phân trộn. Đây là lý do tại sao phân bón nhân tạo rất phổ biến với những người làm vườn tại nhà và nông dân bất chấp những nhược điểm tiềm ẩn của chúng.
