HPLC, phương pháp sắc ký lỏng hiệu suất cao, có rất ít nhược điểm, nhưng một số nhược điểm đó là độ nhạy thấp, khó làm sạch và thiết bị rất đắt tiền. Chức năng, cách sử dụng và độ chính xác của thiết bị HPLC rất giống với GC hoặc sắc ký khí.
Các mẫu được sử dụng trong máy sắc ký lỏng hiệu suất cao thường lớn hơn so với mẫu của máy sắc ký khí. Mặc dù nó có một số nhược điểm, nhưng cũng có rất nhiều ưu điểm. Thiết bị này chính xác hơn các thiết bị khác và có thể phân tích nhiều loại hợp chất hơn, mặc dù thiết bị GC có thể làm tốt hơn với các hỗn hợp phức tạp hơn so với thiết bị HPLC.
