Một nhược điểm của hóa học xanh là việc chuyển đổi từ một sản phẩm hoặc quy trình cũ sang một quy trình mới sẽ mất nhiều thời gian. Việc thiết kế lại quy trình hoặc sản phẩm mới thường khó và thiếu sự thống nhất về những gì được cho là an toàn hơn.
Một lĩnh vực quan tâm khác của hóa học xanh hoặc bền vững là thay thế thuốc trừ sâu hoặc hóa chất truyền thống được sử dụng trong nông nghiệp bằng thuốc trừ sâu sinh học, là thuốc trừ sâu có nguồn gốc từ nguyên liệu tự nhiên như thực vật và động vật. Tuy nhiên, quá trình này diễn ra khá chậm vì quy mô lớn, chi phí sản xuất cao.
Hóa học xanh thúc đẩy việc thiết kế các sản phẩm và quy trình hóa học nhằm giảm việc sản sinh ra các chất độc hại.
