Những nhược điểm của công nghệ DNA tái tổ hợp thường được gộp chung vào các mối quan tâm về thương mại và môi trường. Các vấn đề như tạo thế độc canh và kiểm soát các sinh vật biến đổi bởi lợi ích của công ty là phổ biến và phức tạp.
Có rất nhiều mối quan tâm tồn tại liên quan đến quyền sở hữu các sinh vật biến đổi gen của các tổ chức doanh nghiệp. Trong nhiều trường hợp, những thực thể này nắm giữ bằng sáng chế về thông tin di truyền của các sinh vật nói trên, đặt ra câu hỏi về khả năng sở hữu và lập pháp cho các khối xây dựng của sự sống. Quyền kiểm soát đó thuộc về khu vực doanh nghiệp cũng đặt ra nhiều câu hỏi về đạo đức, các biện pháp khuyến khích kinh tế và các thực tiễn khác.
Độc canh là một quần thể sinh vật được tạo thành từ các bản sao hoặc dòng vô tính một cách hiệu quả. Những sinh vật này dễ bị tổn thương theo những cách chính xác, có nghĩa là một loại bệnh hoặc dịch hại đơn lẻ có khả năng quét sạch chúng hoàn toàn. Việc tạo ra và giữ lại các cây trồng dự phòng dự trữ có thể phục vụ, trong trường hợp như vậy, để bổ sung các cửa hàng và phục hồi sản xuất được coi là điều quan trọng.
Các mối quan tâm khác liên quan đến việc sử dụng DNA tái tổ hợp bao gồm nỗi sợ hãi dai dẳng về sự lây nhiễm chéo và sự di chuyển của DNA độc quyền giữa các sinh vật. Về mặt lý thuyết, thực vật có khả năng phục hồi có thể dẫn đến cỏ dại có khả năng phục hồi mà rất khó kiểm soát. Các sinh vật tái tổ hợp gây ô nhiễm môi trường tự nhiên là một mối quan tâm khác.
