Nhược điểm chính của khai thác than là rất nguy hại cho sức khỏe của những người tham gia khai thác, đồng thời có những tác động tiêu cực nghiêm trọng đến môi trường. Một nhược điểm khác của khai thác than là nó là một nguồn năng lượng không thể tái sinh và cuối cùng sẽ cạn kiệt, có nghĩa là không thể phụ thuộc vào nó như một nguồn năng lượng vĩnh viễn.
Hàng nghìn thợ mỏ chết mỗi năm do mìn sập, nổ và một căn bệnh về đường hô hấp được gọi là "phổi đen". Khai thác than thường gây ra lũ lụt và xói mòn dẫn đến phá hủy các hệ sinh thái quan trọng đối với con người và động vật. Độc tố và hóa chất từ khai thác than thường được thải vào đất, không khí và nước, gây cản trở môi trường cùng với động vật và con người sống trong đó.
