Mưa axit gây ra một số tác động sinh thái, bao gồm axit hóa hồ, suối, đất ngập nước và các cảnh quan thủy sinh khác. Mưa axit cũng làm tăng tốc độ phân hủy của các tòa nhà, phá hủy cây cối ở độ cao lớn và phá hủy rừng đất.
Ngoài axit sulfuric và nitric từ chính lượng mưa, mưa axit cũng giải phóng nhôm vào các hệ thống thủy sinh do tương tác của nó với đất trong lưu vực. Khi mưa axit chảy qua đất ở đầu nguồn, nó sẽ giải phóng nhôm. Khi nó chảy qua các bờ biển và đất gần đó, nhôm sẽ được hấp thụ vào đất. Dòng chảy của mưa axit và nhôm khiến nước trở nên độc hại đối với hầu hết các sinh vật sống dưới nước, bao gồm cả cá, trai và tôm càng.
Mưa axit cũng gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho cây cối và rừng ở các độ cao cao hơn vì nó làm mất đi các chất dinh dưỡng quan trọng trong đất và giải phóng nhôm, cản trở cây hút nước. Mưa axit làm giảm khả năng chống chọi với bệnh tật, côn trùng và nhiệt độ lạnh của cây cối và cũng có thể ảnh hưởng đến sự sinh sản của cây cối.
Mưa axit đề cập đến lượng mưa có hàm lượng axit sunfuric và nitric cao. Nó xảy ra từ các quá trình tự nhiên, chẳng hạn như núi lửa phun trào và thảm thực vật thối rữa, nhưng thường xuyên hơn là do quá trình đốt cháy nhiên liệu hóa thạch. Cách duy nhất để hạn chế tác động của mưa axit là hạn chế thải ra nhiên liệu hóa thạch và các chất gây ô nhiễm khác.