Mặc dù Thomas Jefferson ban đầu ủng hộ ý tưởng về một chính phủ liên bang mạnh mẽ, ông đã từ chức khỏi nội các của Tổng thống George Washington vào năm 1793 chủ yếu vì phản đối mạnh mẽ quan điểm Liên bang của Alexander Hamilton, đặc biệt là liên quan đến việc tài trợ cho các khoản nợ chiến tranh. Bản soạn thảo ẩn danh của Jefferson về Nghị quyết Kentucky là một trong những tuyên bố bằng văn bản đầu tiên về quyền của các bang và là một nỗ lực để chứng minh rằng Đạo luật về Người ngoài hành tinh và Người theo chủ nghĩa Liên bang năm 1793 là vi hiến. Jefferson bác bỏ hoàn toàn khái niệm quyền hạn ngụ ý, vốn cho rằng chính phủ liên bang có thể thực hiện bất kỳ quyền hạn nào không bị cấm rõ ràng trong Hiến pháp Hoa Kỳ.
Thomas Jefferson trở thành tổng thống thứ ba của Hoa Kỳ vào năm 1801 và nhanh chóng thay thế những người được bổ nhiệm theo Đảng Liên bang trước đây bằng các thành viên của Đảng Dân chủ-Cộng hòa của riêng ông. Với tư cách là tổng thống, ông chủ yếu tập trung vào các vấn đề đối ngoại và cho phép các bang tự quyết định trong các vấn đề quản lý địa phương. Khi bắt đầu cầm quyền, Jefferson đã bãi bỏ thuế tiêu thụ đặc biệt đối với rượu whisky và các loại thuế liên bang khác, đóng cửa những văn phòng chính phủ mà ông cảm thấy là không cần thiết và bắt đầu phá bỏ hệ thống tài chính Liên bang trước đây do Alexander Hamilton thiết lập.
Mục tiêu của Jefferson là ngăn chặn việc thành lập một tầng lớp quý tộc Mỹ có bất kỳ điểm nào giống với chế độ quân chủ của Anh mà Hoa Kỳ đã chiến đấu trong Chiến tranh Cách mạng. Ông ủng hộ quyền của các tiểu bang và một chính phủ liên bang không can thiệp vào quản trị địa phương là học thuyết mà một số chính quyền tiểu bang coi là quyền tách khỏi liên minh trong các tranh chấp chính trị dẫn đến nội chiến.
