Nhân giống có chọn lọc cho phép nhà lai tạo chọn những đặc điểm mà họ thấy mong muốn và giao phối với đàn của họ để tính trạng đó trở nên phổ biến hơn qua mỗi thế hệ. Một tác dụng phụ của quá trình lai tạo chọn lọc là các đặc điểm không mong muốn thường bị bỏ qua khi chỉ theo đuổi một đặc điểm cụ thể.
Các nhà lai tạo đã tham gia vào việc nhân giống chọn lọc trong hàng trăm năm. Thực hành này phổ biến trong nông nghiệp, chăn nuôi và thậm chí cả trong chăn nuôi chó. Chó đã được lai tạo cho những đặc điểm cụ thể trong nhiều thế hệ. Sở dĩ có rất nhiều giống chó khác biệt là do chúng đã được lai tạo có chọn lọc vì những đặc điểm nhất định. Ví dụ, German Shepherd được lai tạo để phục vụ như một con chó quân đội và cảnh sát. Nhà lai tạo đã chọn những con chó dựa trên đặc điểm thể chất và tính cách của chúng. Những thứ được cho là đáng mơ ước là lòng dũng cảm, kích thước, tốc độ và sức bền. Loài chó này được sử dụng nhiều trong công việc của cảnh sát và quân đội cho đến tận ngày nay.
Mặt hạn chế của nhân giống chọn lọc là bất cứ lúc nào chỉ có các đặc tính cụ thể mới được coi trọng, có khả năng các đặc tính không mong muốn có thể tìm đường xâm nhập vào giống. German Shepherd, mặc dù dũng cảm và mạnh mẽ, nhưng lại có gen di truyền trước chứng loạn sản xương hông. Các ví dụ khác về tác động tiêu cực của việc lai tạo chọn lọc ở chó bao gồm xu hướng co giật hoặc khó thở ở chó Bull Anh.
