Nhân giống có chọn lọc, còn được gọi là chọn lọc nhân tạo, được thực hiện bằng cách giao phối động vật hoặc lai cây với các đặc điểm hoặc tính trạng mong muốn để tạo ra con cái trong đó những đặc điểm đó trội hơn, theo Encyclopedia Britannica. Nhà lai tạo cố gắng phân lập các gen chịu trách nhiệm về tính trạng mong muốn trong các thế hệ tiếp theo để chất lượng trở nên rõ rệt và cố định hơn.
Ở thực vật, nhân giống chọn lọc có thể tạo ra năng suất cây trồng cao hơn, tốc độ phát triển nhanh hơn và không bị nhiễm bệnh. Ở động vật, lai tạo chọn lọc cho phép các đặc điểm thực tế như năng suất sữa cao hơn ở bò cũng như các đặc điểm thẩm mỹ, chẳng hạn như những thay đổi về ngoại hình. Ví dụ về lai tạo chọn lọc là nhiều giống chó. Tất cả các đàn chó thuần chủng trong số khoảng 400 giống chó đã đăng ký đều được duy trì bằng cách lai tạo chọn lọc. Các gen khác nhau được lai tạo thành chó qua nhiều thế hệ cho biết kích thước lớn hay nhỏ, hình dạng đầu và cơ thể, lông mượt hoặc xoăn, chiều dài của chân, sự biến đổi về màu sắc và khả năng thích ứng với một số hoạt động nhất định. Động vật thuần chủng là những động vật có tổ tiên của chúng có thể được ghi lại, chứng tỏ có nguồn gốc từ các giống vật nuôi tương tự.Mặc dù nhân giống chọn lọc có lợi thế là khóa các đặc điểm mong muốn vào động vật, nó cũng có xu hướng khóa các đặc điểm ít mong muốn hơn, chẳng hạn như khuynh hướng di truyền đối với một số bệnh nhất định. Ví dụ, những con chó lớn, chẳng hạn như Great Danes và Saint Bernards, dễ bị loạn sản xương hông, u xương ở chân và phục hình bằng nhiệt. Các giống chó như Pekinese và bulldog có xu hướng gặp vấn đề về hô hấp do đường dẫn khí bị rút ngắn vì mũi hếch của chúng. Giống chó nhỏ gặp khó khăn với trật khớp xương bánh chè, các vấn đề về tim và giữ ấm. Thông thường, những khó khăn mà những giống chó này gặp phải liên quan trực tiếp đến những đặc điểm mà người chăn nuôi mong muốn và cố gắng cấy ghép có chọn lọc.
