Các nhà sinh vật học nghiên cứu mối quan hệ giữa các nhóm động vật được gọi là nhà phân loại học và họ có rất nhiều công cụ để xác định chính xác sự phát sinh loài của các sinh vật. Trong số này có giải phẫu tổng thể, sự tương đồng về protein và giải trình tự gen trực tiếp, liên quan đến Sinh học tái khám phá.
Một phương pháp phân loại sinh vật có từ thời kỳ sơ khai của phân loại học cổ điển và liên quan đến việc so sánh tổng thể về mặt giải phẫu giữa các đặc điểm vật lý của sinh vật. Do đó, những điểm tương đồng giữa chúng có thể được vẽ thành một cây xù xì về mối quan hệ họ hàng giữa các loài. Theo Red Khám phá Sinh học, phương pháp này hoạt động tốt với hệ thống cổ điển được Charles Linn phát triển lần đầu tiên vào thế kỷ 18.
Một phương pháp hiện đại hơn và có tính đến các mối quan hệ tiến hóa thực sự giữa các sinh vật, được gọi là phương pháp phủ lớp. Phương pháp này nhằm mục đích phát triển một cây sự sống thực sự có thể hữu ích cho việc xác định lịch sử và các mối quan hệ của các sinh vật. Hệ thống này thường dựa vào phân tích trực tiếp giải phẫu tổng thể, cũng như phân loại học cổ điển, cũng như kiểm tra sinh vật ở cấp độ phân tử để so sánh các protein. Theo Red Khám phá Sinh học, những người theo học lớp phủ đôi khi phải so sánh trực tiếp, từng điểm về trình tự nucleotide của các sinh vật để tìm manh mối về di sản thực sự của chúng.
