Whole Foods cung cấp cho khách hàng nhiều loại bánh trong các tiệm bánh của mình. Khách hàng cũng có thể đặt hàng đặc biệt cho các loại bánh theo hương vị yêu thích của mình. Bánh theo yêu cầu đặc biệt của Whole Foods có ba kích cỡ và phục vụ tối đa 80 người. Whole Foods cũng bán bánh không chứa gluten và bánh thuần chay.
Whole Foods lựa chọn các loại bánh thông thường bao gồm các hương vị phổ biến như sô cô la, vani và dừa. Siêu thị cũng bán cà rốt, kem bơ mâm xôi chanh và bánh mousse. Công ty bán một chiếc bánh sô cô la không bột và một chiếc bánh vani phủ trái cây tươi. Bánh thuần chay Whole Foods có ba hương vị: vani, sô cô la và cà rốt. Mặc dù bánh mang đi của Whole Foods thường có nhân và lớp kem phủ, siêu thị cũng bán một số hương vị của bánh pound cake không có lớp phủ bên ngoài.
Khách hàng có nhu cầu mua bánh cho các sự kiện lớn có thể đặt hàng đặc biệt tại siêu thị Whole Foods tại địa phương. Công ty nói rằng khách hàng nên đặt hàng trước 48 giờ. Các thợ làm bánh của Whole Foods tùy chỉnh các loại bánh theo đơn đặt hàng đặc biệt theo nhu cầu của khách hàng.
Whole Foods bán bánh được làm trong tiệm bánh không chứa gluten. Các hương vị bánh không chứa gluten bao gồm sô cô la, dừa, vani, caramel muối, thực phẩm thiên thần và bánh mousse bạc hà. Khách hàng nên lưu ý rằng lựa chọn bánh thay đổi theo mùa và giữa các địa điểm của Whole Foods.