Louis Pasteur cuối cùng đã loại bỏ thế hệ tự phát thông qua một thử nghiệm trong đó nước dùng thịt bò được khử trùng bằng cách đun sôi trong hai bình, một bình tiếp xúc với không khí và một bình khác được bảo vệ khỏi nó. Bình được tiếp xúc với chất gây ô nhiễm bị vẩn đục, cho thấy sự phát triển của vi sinh vật, trong khi chất bị bịt kín thì không.
Louis Pasteur nổi tiếng vì những đóng góp của ông trong việc hiểu biết về bệnh tật và vi sinh vật nói chung. Quá trình thanh trùng, nơi sữa, rượu vang và các vật tư tiêu hao khác được xử lý để ngăn chặn sự ô nhiễm vi khuẩn, đã được ông phát hiện và đặt tên cho nó. Pasteur là người đầu tiên chứng minh rằng quá trình lên men là do vi sinh vật gây ra và oxy không cần thiết cho quá trình này.
Pasteur không bắt nguồn lý thuyết vi trùng, nhưng ông là người đã cung cấp đầy đủ bằng chứng thực nghiệm để thuyết phục hầu hết cộng đồng khoa học rằng điều đó là đúng. Ông cũng là người đầu tiên nêu các nguyên tắc tiêm chủng, và ông đã tạo ra những loại vắc xin đầu tiên cho bệnh dại và bệnh than. Ông đã phát hiện ra những nguyên tắc này sau một sai lầm trong khi nghiên cứu bệnh dịch tả gà, một căn bệnh thường gây tử vong. Ông đã xử lý những con gà bằng phương pháp cấy vi khuẩn đã bị hư hỏng, chỉ tạo ra các triệu chứng nhẹ. Sau đó, anh ta không thể lây nhiễm lại cho gà, ngay cả với vi khuẩn sống được.
