Theo trang web của đội, đội bóng đá San Francisco 49ers được đặt theo tên của những người đã tham gia Cơn sốt vàng California. Những người này được gọi là 49ers, kể từ khi cơn sốt tìm vàng xảy ra từ năm 1849 trở đi . Gợi ý cho cái tên đến từ người sáng lập của nhóm, Tony Morabito. Logo ban đầu của 49ers phản ánh tên đội vì nó là hình ảnh của một người thợ mỏ đang bắn hai khẩu súng lục.
Đội San Frisco 49ers được thành lập vào năm 1946. Trước đó, Morabito đã tiếp cận Liên đoàn Bóng đá Quốc gia vào năm 1942 với khả năng thành lập một đội Bờ Tây, nhưng ý tưởng này nhanh chóng bị bác bỏ. Khi một giải đấu mới được thành lập vào năm 1944, Hội nghị bóng đá toàn Mỹ, Morabito bắt đầu thành lập nhượng quyền thương mại ở San Francisco.
Lawrence Shaw được chọn làm huấn luyện viên trưởng đầu tiên của đội. Có tổng cộng 32 cầu thủ được chọn cho mùa giải đầu tiên của đội, bao gồm Frankie Albert, Bruno Banducci và Joe Ventrano. 49ers đã thắng trận đầu tiên trước Chicago Rockets. Mặc dù thành công ban đầu, 49ers đã kết thúc mùa giải đầu tiên của họ với chỉ ba chiến thắng.
Morabito vẫn giữ quyền sở hữu đội cho đến khi ông qua đời vào năm 1957. Em trai của ông, Victor, tiếp tục quyền sở hữu của gia đình đối với đội, nhưng cuối cùng đội đã được bán cho Edward DeBartolo Jr. vào năm 1977.
