Vi sinh vật đóng góp vào quá trình sản xuất pho mát theo một số cách: vi khuẩn giúp axit hóa sữa trong khi các enzym xúc tiến quá trình đông tụ và protein giúp làm chín và già pho mát. Sản xuất pho mát tuân theo một số bước chính xác, sử dụng vi sinh vật ở mỗi giai đoạn. Những sinh vật này tạo ra cấu trúc, hình dạng, mùi vị và kết cấu của pho mát.
Chế biến pho mát về cơ bản liên quan đến việc tách nước khỏi sữa, quá trình này được thực hiện trong một khoảng thời gian. Quá trình bắt đầu bằng việc tách các thành phần trong sữa thành hai dạng, đó là sữa đông và váng sữa. Sữa đông chiếm phần rắn trong sữa trong khi váng sữa tồn tại dưới dạng phần chất lỏng. Vi khuẩn giúp phân tách hai thành phần, bắt đầu vai trò của vi sinh vật trong quá trình sản xuất pho mát.
Hai vi khuẩn, vi khuẩn ưa nhiệt và vi khuẩn ưa nhiệt, biến đổi đường sữa từ sữa thành axit lactic. Chúng cũng ổn định lượng axit trong sữa, giảm độ chua của sữa. Vi khuẩn ưa nhiệt xuất hiện trong các loại pho mát mềm hơn, chẳng hạn như Gouda, Mozzarella và Cheddar. Những vi khuẩn này sống trong nhiệt độ phòng nhưng chết ở nhiệt độ cao. Ngược lại, vi khuẩn ưa nhiệt lại tồn tại được khi tiếp xúc với nhiệt độ cao. Những vi khuẩn này tạo ra pho mát cứng, chẳng hạn như Gruyere và Romano.
Sau khi tách sữa, các nhà sản xuất pho mát thêm các enzym gọi là rennet. Rennet xúc tiến quá trình đông tụ và tạo ra sữa đông cứng hơn. Nó giúp loại bỏ nước dư thừa, từ đó tạo ra pho mát dày và cứng. Trong giai đoạn chín cuối cùng, vi khuẩn và thậm chí cả nấm bắt đầu hoạt động, phá vỡ protein và tạo ra nhiều hương vị.
