Hệ thống miễn dịch duy trì cân bằng nội môi bằng cách ngăn chặn mầm bệnh làm gián đoạn hoạt động bình thường của cơ thể. Hệ thống này đạt được điều này theo nhiều cách khác nhau, bao gồm khả năng miễn dịch thích ứng khi cơ thể gặp tác nhân gây bệnh mới, khả năng miễn dịch bẩm sinh, tiết axit lên da và sử dụng màng nhầy để phân hủy vi khuẩn.
Một số yếu tố có thể phá vỡ cân bằng nội môi, bao gồm vi rút và các vi sinh vật khác gây sốt, tăng huyết áp và thay đổi độ pH trong máu. Hệ thống miễn dịch duy trì cân bằng nội môi bằng cách ngăn chặn các vi sinh vật như vậy trở nên có vấn đề và giảm khả năng phá vỡ hoạt động bình thường của chúng. Ví dụ, trong miễn dịch thích ứng, hệ thống miễn dịch ghi nhớ tác nhân gây bệnh khi nó lần đầu tiên xâm nhập vào cơ thể. Khi nó xâm nhập vào cơ thể lần thứ hai, nó sẽ ngay lập tức giải quyết nó, ngăn không cho nó gây nhiễm trùng lần thứ hai và phá vỡ cân bằng nội môi.
Có một số cách hệ thống miễn dịch bảo vệ cơ thể, bao gồm da, kháng nguyên và màng nhầy. Da là tuyến phòng thủ đầu tiên của cơ thể. Hệ thống miễn dịch thúc đẩy độ pH của da ngăn chặn một số vi khuẩn. Khi các kháng nguyên gặp một chất lạ, chúng sẽ ghi nhớ nó và sau đó tạo ra kháng thể khi nó đi vào máu trở lại. Đường hô hấp là nơi có màng nhầy và lông mao. Màng nhầy có các enzym xử lý mầm bệnh và lông mao quét chúng đi.