Euglena bài tiết chất thải theo cách giống như các động vật nguyên sinh khác, thông qua một túi không bào có thể hấp thụ và đẩy nước có chứa chất dinh dưỡng hoặc các sản phẩm trao đổi chất ra ngoài. Túi không bào mở rộng khi chất thải tích tụ. Các không bào này được thải ra ngoài thường xuyên cứ sau nửa phút.
Tế bào của màng sinh chất của euglena làm cho chúng luôn ưu trương với môi trường nước xung quanh. Điều này giúp nước chảy tự do qua màng sinh chất, tạo điều kiện đẩy chất thải ra khỏi không bào. Không bào co bóp bao gồm hai tiểu ngăn, mỗi ngăn được bao bọc bởi một lớp màng khác nhau. Một màng được chia thành các ống nhỏ và các túi chứa các enzym chuyển vị proton cho phép vận chuyển tích cực các thành phần trong và ngoài chất nguyên sinh. Quá trình vận chuyển tích cực này liên quan đến việc tạo ra một gradient điện hóa thông qua các enzym màng lọc, loại bỏ các thành phần chất thải không mong muốn và bơm các chất dinh dưỡng mong muốn vào sinh vật nguyên sinh.
Màng còn lại đóng vai trò như một vỏ bọc cho một bể chứa, thiếu các enzym của màng thứ nhất. Màng thứ hai này có tính đàn hồi, tạo điều kiện cho nó mở rộng để lưu trữ chất lỏng dư thừa. Màng đàn hồi có thể kết hợp với màng sinh chất bên ngoài bao quanh hai ngăn phụ để đẩy các chất thải không mong muốn ra ngoài. Ngoài việc trục xuất các chất thải, túi không bào chịu trách nhiệm cho sự điều hòa của phần bên trong của euglena với môi trường xung quanh của nó.
