Nấm mốc thuộc về vương quốc được gọi là nấm. Vương quốc này là một phần của hệ thống phân loại năm giới do R.H. Whittaker đưa ra vào năm 1959, cho nấm có địa vị bình đẳng với thực vật và động vật. Nấm mốc, cũng như các loại nấm khác, là những sinh vật nhân chuẩn được coi là khác biệt với thực vật và động vật.
Ngoài thuộc về vương quốc nấm, nấm mốc có thể được đặt trong một số loài nấm, bao gồm Zygomycota, Ascomycota, Oomycota, Basidiomycota và Chytridiomycota. Zygomycota chứa một loại nấm mốc được tìm thấy trên bánh mì được gọi là Rhizopus stolonifera. Nấm mốc đen được tìm thấy trong loài Ascomycota thuộc nhóm ngành. Oomyota chứa nấm mốc nước hoại sinh và nấm mốc xanh thuốc lá.
