Một protein đánh dấu tồn tại trong màng tế bào và đóng vai trò là mã nhận dạng của tế bào. Protein phân tích bất kỳ kẻ xâm lược nào, tự liên kết với chúng và tạo ra phản ứng trực quan để đưa ra quyết định.
Hệ thống miễn dịch của cơ thể sử dụng các protein đánh dấu để phân biệt các tế bào thân thiện với những kẻ xâm lược nước ngoài. Các protein đánh dấu là tất cả các mã nhận dạng duy nhất, giống như dấu vân tay của con người, không có hai loại nào giống nhau.
Những protein này đóng một vai trò quan trọng trong những thứ như cấy ghép nội tạng người. Nếu các protein đánh dấu trên cơ quan được cấy ghép khác với protein từ cơ quan ban đầu, cơ thể sẽ loại bỏ nó như một kẻ xâm lược ngoại lai.