Hạnh nhân có thể bị hỏng nếu chúng không được bảo quản đúng cách. Mặc dù về mặt kỹ thuật, hạnh nhân là một loại hạt nhưng nó được sử dụng như một loại hạt và có hàm lượng chất béo cao. Hàm lượng chất béo này là nguyên nhân khiến hạnh nhân nhanh chóng bị ôi thiu.
Hạnh nhân không vỏ có thời hạn sử dụng lâu nhất. Vỏ phải còn nguyên vẹn, không bị nấm mốc và sạch sẽ, có mùi thơm. Tốt nhất, hạnh nhân tốt nhất để mua nên đựng trong hộp kín không tiếp xúc với nhiệt hoặc độ ẩm.
Sau khi về nhà, hạnh nhân cần được bảo quản ở nơi khô ráo, thoáng mát. Tốt hơn là nên bảo quản chúng trong tủ lạnh để dùng được lâu và tốt hơn là nên bảo quản chúng trong ngăn đá.
