Hà mã tự bảo vệ mình bằng bộ hàm dũng mãnh, hàm răng khổng lồ và cái đầu khổng lồ. Những chiếc răng ngà khổng lồ của chúng nặng tới 6 pound mỗi chiếc và là thành phần quan trọng trong kho vũ khí phòng thủ của chúng. Hà mã trọc răng để đe dọa những con lai, một hành vi đặc biệt phổ biến ở những con bò đực trưởng thành tranh giành lãnh thổ. Chúng cũng tung ra những cú cắn chết người với lực đủ mạnh để cắt đôi cá sấu trưởng thành.
Hà mã có ít kẻ săn mồi đáng kể. Chúng dành phần lớn thời gian mỗi ngày để ngập trong các con sông, nơi động vật săn mồi chính của chúng là cá sấu. Hà mã trưởng thành thường giết những con cá sấu định cắn chúng, nhưng những con non thường không chống chọi được với những vết thương do cá sấu tấn công. Hà mã sống thành đàn gồm một con đực trưởng thành, 10 đến 20 con cái trưởng thành và con cái của chúng. Hành vi phân nhóm này là một cơ chế bảo vệ hiệu quả ngăn chặn nhiều kẻ thù có thể trở thành kẻ săn mồi.
Khi kiếm ăn trên cạn, những kẻ săn mồi chính mà hà mã phải đối mặt là sư tử và linh cẩu. Săn trộm là một mối đe dọa nghiêm trọng không kém. Ngà hà mã đang được yêu cầu vì chúng được làm bằng ngà voi, cùng một chất liệu tạo nên ngà voi. Ngoài ra còn có một thị trường ngầm để bán thịt hà mã.
Ngoài nhu cầu bảo vệ bản thân trước các cuộc tấn công, hà mã cần được bảo vệ khỏi ánh nắng gay gắt. Chúng dành phần lớn thời gian mỗi ngày gần như hoàn toàn ngập trong sông, chỉ có lỗ mũi, tai và mắt ở trên mặt nước. Điều này giúp chúng mát mẻ và thoải mái trong thời gian nóng nhất trong ngày. Hà mã cũng tiết ra chất nhớt màu hồng bôi trơn lớp da dày của chúng, bảo vệ da khỏi tác hại của môi trường và tiêu diệt vi khuẩn trên bề mặt.
